決戦の分岐ルート(両軍共通)
杭瀬川遭遇戦(小合戦)
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関ヶ原の戦い(大合戦)
↓ 東軍勝利 ↓ 西軍勝利
水口突破戦 小合戦 上田退却戦
↓ ↓
播磨決戦 大合戦 富士の合戦
↓ 東軍勝利 ↓ 西軍勝利 ↓ 東軍勝利 ↓ 西軍勝利
瀬田攻防戦(小合戦) 関ヶ原決戦(3)最終決戦 箱根撤退戦(小合戦)
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大阪夏の陣 大合戦 江戸冬の陣
↓ 東軍勝利 ↓ 西軍勝利 ↓ 東軍勝利 ↓ 西軍勝利
東軍勝利ED 関ヶ原決戦(1) 関ヶ原決戦(2) 西軍勝利ED 最終決戦
決戦1ではこのように分岐されます。東軍・西軍の両軍とも全てのステージにいくことは出来ますが、大阪の陣で西軍、江戸の陣で東軍を操作している時が負けると敗北EDになってしまうので注意。もちろん関ヶ原決戦で負けた場合も同様。
瀬田攻防戦の難易度5は、両軍とも難しいと言う今作で最も難しい小合戦となっています。
基本は小合戦と大合戦を交互に行っていく。ストーリーモードでは寝返らせた武将を使ったIFや戦法の回数が増えたりする。
合戦をクリアすれば合戦選択で再プレイも出来るが。寝返らせてきた武将は登場せず戦法も無成長状態からになります。